Después de la destrucción de Konoha, en la batalla con Pain, a Naruto se le plantea una enorme pregunta que expone el mayor defecto de su ideología.
A lo largo de Naruto y Naruto Shippuden, Naruto ha funcionado como un personaje que intenta revelar las inconsistencias de la ideología de sus oponentes. Esta tendencia, que a veces se denomina "Talk no Jutsu", está presente en toda la serie, con una excepción importante. Cuando Pain lanza su asalto total a la Aldea de la Hoja, es capaz de inmovilizar a Naruto el tiempo suficiente para mantener una conversación con él; una conversación que expone los mayores defectos de su ideología.
En el pasado, Naruto ha conseguido hacer cambiar de opinión a varios de sus antagonistas más famosos. Primero ayudó a Zabuza a darse cuenta de que no creía realmente que ni él ni Haku fueran herramientas de guerra. Más tarde, Naruto ayudó a Gaara a aceptar que no quería estar solo y que, a pesar de todo su dolor, también quería tener amigos. Las convicciones de Naruto han tenido un largo historial de ayudar a sus villanos a cambiar sus ideologías, pero su mayor fracaso narrativo ilustra los fallos de este enfoque.
Durante la lucha de Naruto con Pain, éste es capaz de clavar varias barras de absorción de chakra en Naruto, deteniendo su movimiento. Mientras Naruto es incapaz de contraatacar, Pain aprovecha la oportunidad para monologar sobre su visión del mundo y la razón por la que considera necesaria la destrucción de Konoha. Le dice a Naruto que el pasado del mundo Shinobi es el mismo que su futuro debido a una simple verdad: la gente nunca se entenderá de verdad. El odio impregnará el mundo shinobi porque el ciclo de la guerra y la desconfianza seguirá asolando todas las aldeas, provocando una sed de venganza interminable. Cuando se enfrenta a este dilema y se le pregunta cómo podría detenerlo, Naruto no tiene respuesta.
La incapacidad de Naruto para responder a esta pregunta ilustra el fallo central de su ideología. Naruto habla mucho de la fe y de cómo cree en la capacidad de la gente para superar el dolor porque él fue capaz de superar el suyo, pero esta línea de pensamiento empieza a desmoronarse rápidamente en el mundo shinobi. El mundo shinobi es uno que funciona criando niños soldados, enseñándoles artes marciales mortales y técnicas secretas con el fin de prepararse para la siguiente instancia de guerra o subterfugio. Cuando Naruto se enfrenta a Nagato y consigue que use el Rinne Rebirth, Nagato dice que confiará el mundo y su futuro a Naruto, pero para cuando Naruto tiene a su hijo Boruto y es Hokage, casi nada ha cambiado. Las cinco naciones shinobi colaboran más estrechamente, pero siguen desconfiando las unas de las otras, y todavía hay muchos agentes renegados que trabajan para avivar las llamas de la guerra una vez más.
La ideología de Naruto es optimista y admirable, pero está claro que no tiene ninguna forma real de ayudar a que todos se entiendan. No ha conseguido realizar los cambios necesarios en el mundo shinobi que se requieren para la abolición de la guerra y de los niños soldados, sobre todo teniendo en cuenta que su propio hijo sigue siendo educado de esta manera. La incapacidad de Naruto para responder a Pain sigue siendo la fuente de su mayor fracaso ideológico.
